x

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt

Seqüenciació i Bioinformàtica de FISABIO-Salut Pública

Serveis

El Servei de Seqüenciació i Bioinformàtica de FISABIO-Salut Pública proporciona assessorament en la planificació d’estudis així com d’explotació de dades de seqüenciació massiva. La nostra missió és ajudar l’usuari a extraure tota la informació possible de les dades de seqüenciació que puga ser-li útil per a la interpretació dels resultats.

fisabio_secuenciacion

Protocols de seqüenciació actius en el servei

El servei de seqüenciació ofereix la possibilitat de multiplexar (ajuntar mostres) segons la cobertura requerida per l’usuari.

graf_1

Seqüenciació d’amplicons

graf_8

Seqüenciació de genomes complets

graf_7

Reseqüenciació de genomes complets

graf_6

Seqüenciació de transcriptomes

graf_5

Seqüenciació de metagenomes

graf_4

Seqüenciació de metatranscriptomes

graf_3

Seqüenciació de miRNA, siRNA i altres RNAs menuts

graf_2

Panells de gens

fisabio_analisis

Anàlisi bioinformàtica

El Servei aplica fluxos de treball estandarditzats (pipelines) preestablits. En cas de necessitat, existeix la possibilitat d’elaborar pipelines ad hoc en funció de les necessitats de l’usuari.

  • Anotació taxonòmica bacteriana (amplicons de 16S rDNA).
  • Anotació taxonòmica de fongs (amplicons d’ITS).
  • Anàlisis ecològiques i comparatives en comunitats microbianes o de fongs (16S/ITS).
  • Assemblatge i anotació de genomes/transcriptomes i metagenomes/metatranscriptomes.
  • Determinació de perfils d’snps/indels en estudis de reseqüenciació.
  • Anàlisi comparada entre múltiples genomes per a la definició de perfils de snps/indels i gens diferencials, pangenomes.
demo

Demo Anotació taxonòmica

demo

Demo Anotació taxonòmica i anàlisi comparada

demo

Demo Metagenomics analysis

fisabio_asesoria

Assessoria

El Servei de Seqüenciació i Bioinformàtica de FISABIO, posa a la disposició dels usuaris l’experiència adquirida en la seua trajectòria: des dels primers seqüenciadors de segona generació (Roche FLX+ 454), passant per l’evolució dels seqüenciadors d’Illumina fins a les noves tecnologies de tercera generació (Oxford Nanopore Technologies). L’assessoria que s’ofereix té dos vessants:

  • Suport en el disseny experimental de projectes d’investigació on es necessite suport de seqüenciació massiva i bioinformàtica.
  • Direcció i gestió de projectes de posada en marxa de nous laboratoris de seqüenciació i bioinformàtica.