x

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt

Seqüenciació i Bioinformàtica de FISABIO-Salut Pública

I per fi arribem a Linux

Per Giuseppe D’Auria, Ph.D.

IP, Bioinformática

Servei de Seqüenciació i Bioinformàtica de FISABIO, València (Espanya)

Sobre mi: https://orcid.org/0000-0001-6292-2420

@gidauria

Giuseppe D'Auria

Hui farem coses simples. Instal·larem un sistema operatiu Linux! Ja sé que probablement esteu retardant aquest pas des de fa anys, dient… un dia he de veure que va això… Aqueix dia ha arribat. Si esteu treballant amb dades bioinformàtiques, ja us haureu adonat que l’entorn Unix és la base per a la majoria de programes i formats.

Esperem que aquest xicotet tutorial ajude usuàries i usuaris que ho necessiten, a veure el sistema Linux més pròxim i no tan abstracte o “només-per a-elegits-bioinformàtics”.

També escric aquest article amb la idea de continuar afegint mòduls d’anàlisis i anar a poc a poc progressant en la bioinformàtica (o almenys, aquests són els bons propòsits).

En aquest post seguirem uns quants passos que ens portaran a tindre una distribució (distro) perfectament funcional dins d’un entorn virtual. Així que, sense por, podeu provar-la en el vostre entorn habitual (Windows, Mac, Linux).

1.Ingredients

1.1. Obtindre una distribució: Per exemple Xubuntu, s’obté des d’ http://xubuntu.org.

Punxant sobre el botó “Download” arribem a triar un mirror (qualsevol), i des d’allí triem la versió més actualitzada, per exemple: xubuntu-18.04.3-desktop-amd64.iso.

Aquest nom estrany ens diu que:

  • la distro serà Xubuntu,
  • la versió 18.04.3-desktop (distribució d’escriptori)
  • per a processadors de 64 bits (els ordinadors moderns porten en general un processador de 64 bits).

Estem baixant un fitxer de quasi dos gigabytes, així que armeu-vos d’una mica de paciència i d’espai de disc.

Aquesta versió porta el sufix LTS (Long Time Supported) i és la 18.04. Vol dir que té suport de llarga temporada, almenys de 3 anys. Després s’haurà d’actualitzar el sistema amb la nova. El sistema mateix ens informarà i donarà l’opció d’actualitzar-la de manera automàtica.

Xubuntu home page
1.2. Obtindre VirtualBox

Quan tinguem el fitxer en el nostre ordinador, podem instal·lar el programa que ens permetrà tindre ordinadors virtuals (guest) en el nostre entorn real (host). Per a això podem instal·lar el programa VirtualBox d’Oracle des del web: www.virtualbox.org. Un programa d’ús lliure sota la llicència GNU General Public License (GPL), versió 2.

Una vegada instal·lat VirtualBox seguint les instruccions típiques d’instal·lació d’un programa per a Windows o Mac, podrem iniciar el programa des del nostre menú o des d’un enllaç que apareixerà en el nostre escriptori segons el nostre sistema operatiu. Si tot ha anat bé, hauríem de veure una finestra molt semblant a aquesta:

I ja tenim els ingredients necessaris.

 

2. Ordenador virtual

Arribats a aquest punt estem llestos per a crear el nostre primer ordinador virtual, sona a quelcom d’estrany, però no és difícil. Aquest serà només un altre gran fitxer dins nostre ordinador, com obrir una fotografia digital, o digitalitzada: no tens la foto en paper, però és allí en la nostra pantalla.

Seguim ara aquesta simple llista d’instruccions amb l’ajuda de les imatges:

Prémer sobre la tecla “New”.

Aquest pas obri una nova finestra on cal començar a configurar la nostra primera màquina virtual definint:

  • El nom de la màquina: Lliure elecció (per exemple, MiPrimerLinux).
  • El tipus: busquem Linux.
  • La versió: Ubuntu (64 bits). ATENCIÓ!! Si només apareixen màquines de 32 bits, vol dir que hem de habilitar la virtualització configurant un paràmetre de la BIOS. Si ja vam poder seleccionar la màquina de 64 bits, pots passar a el pas 2.3.

Seguim ara aquesta simple llista d’instruccions amb l’ajuda de les imatges:

Prémer en “Next” i seguim.

 

Definition of machine name and system
2.2. Habilitant la virtualització (només si cal, mirar pas anterior)

Abans d’això i perquè funcione, hem de comprovar que el nostre ordinador de 64 bits té habilitades les extensions de virtualització. Si això no es fa, SOL podràs executar sistemes operatius de 32 bits, perdent tota la potència dels 64 bits.

La BIOS és el programari que està inclòs en la placa base de l’ordinador i que s’encarrega de configurar i comprovar que tot està bé, abans que arranque el sistema operatiu (Virtual box també té una BIOS molt simple a la qual s’accedeix prement la tecla F12). De què estem parlant? No sé si us heu fixat, però quan arranca l’ordinador (el vostre, el real), generalment apareixen uns missatges com, per exemple: “Tecla F2 per a accedir a la BIOS” i, en general, és tan ràpid que ni ho veiem. Depenent de la màquina, la manera d’entrar en la BIOS (Basic Input Ouput System) varia. És millor consultar l’oracle sobre “Com accedir a la BIOS del meu ordinador?” indicant el tipus d’ordinador. Resumint: has d’entrar en la BIOS només encendre l’ordinador, ja que és l’únic tram de temps en el qual aquesta es troba accessible. Les tecles més comunes són F1, F2, Supr, etc.

Una vegada dins de la BIOS, cerqueu l’apartat avançat o, com es veu normalment, “Advanced BIOS Features” o “Advanced” a seques, cerca VIRTUALIZATION TECHNOLOGY o VT-X i activa’l (ENABLED). Eixiu de la BIOS usant l’opció SAVE and EXIT, i no toqueu res més que aquests paràmetres. Si dubteu, demaneu ajuda, canviar algun paràmetre erroni pot portar-te a no arrancar correctament el teu ordinador.

2.3. Memòria RAM

És el moment de definir la quantitat de RAM que assignarem a la màquina virtual. Aquesta entra en competició amb el sistema Host (el nostre ordinador físic), així que no podem superar la barra verda. Per exemple, per a començar podem fixar-la en 2048 MegaBytes (= 2 GigaBytes). Tingueu en compte que l’ordinador personal que estic emprant en aquest moment té 16GB. Igual el vostre ordinador no té tanta RAM, però si no superem la barra verda, no hauríem de tindre problemes.
Aquesta memòria és la que s’usarà a l’hora d’executar els nostres programes.
NB: No té res a veure amb l’espai dels discos, on s’emmagatzemen els fitxers de manera permanent (pas següent).

Prem sobre “Next” i seguim.

 

RAM memory
RAM memory
2.4. Creació del disc virtual

Continuem afegint peces virtuals, ara és el moment de crear el disc virtual. En aquesta primera fase ens quedem amb la majoria dels paràmetres per defecte com ens suggereix el mateix VirtualBox. En les pròximes quatre imatges:

  • Crearem un disc nou (Next).
  • Definirem el tipus (deixem VDI per defecte, Next).
  • Definirem si el disc s’anirà emplenant de manera dinàmica (a poc a poc, segons es vaja necessitant, Next).
  • Definirem la grandària (deixem els 10 GigaBytes suggerits, Create).
Create HD
Create HD
HD file type
HD file type
Storage mode
Storage mode
HD size
HD size

Ja està!!!

Ja tenim el nostre ordinador virtual (encara sense sistema operatiu).

És com si estiguérem eixint de la nostra botiga virtual

amb un ordinador virtual en la nostra caixa virtual.

Created
Created

3. Instal·lant Linux

En aquest moment el disc es troba buit i cal instal·lar tot el sistema operatiu abans d’encendre l’ordinador (virtualment parlant).

Per a això, no sé si recordeu (o sabeu) com es feia fa alguns anys, però cal usar un disc amb un sistema operatiu… Aquest serà el nostre primer ingredient, el fitxer “xubuntu-18.04.3-desktop-amd64.iso” que ens hem baixat adés.

I on ficarem aquest “CD virtual”? Com no, en el nostre lector de CD virtual.

3.1. Inserint el CD de Xubuntu en el lector de CD

Per a aquest pas hem d’ajustar les preferències de la màquina virtual seleccionada (en aquest moment n’hi ha només una, però podríem tindre’n més).

  • Prémer en “Settings”: obri una nova finestra amb tots els paràmetres del nostre ordinador que podem ajustar.
  • Prémer en “Storage”: obri una finestra amb la icona d’un CD marcat com “empty”.
  • Prémer sobre el CD: ens ensenya a la dreta una icona a forma de CD (la fletxa) que cal prémer.
  • Això ens porta a triar un “Fitxer de disc òptic virtual” (el fitxer “xubuntu-18.04.3-desktop-amd64.iso” d’abans).
  • Naveguem fins a trobar-lo, el seleccionem i premem “Obrir”.
  • Ens queda acceptar el canvi i prémer “Ok

Tot torna com al començament.

Set the CD
Set the CD
Set the CD
Set the CD
Set the CD
Set the CD
Set the CD 4
Set the CD 4
3.2. Instal·lant Linux

Llestos per a arrancar la màquina virtual, que en la seua primera arrencada llegirà el sistema des del CD (virtual) i ens guiarà cap a la seua instal·lació. Prémer en Start!!

 

Start the VM
Start the VM
3.3. Llestos per a arrancar la màquina virtual

Start”. Xubuntu comença a respirar i ens portarà a una pantalla que ens pregunta:

  • L’idioma, que podem canviar a “Espanyol” (entre altres).
  • Si volem provar-lo (“Provar Xubuntu”) o instal·lar-lo (“Instal·lar Xubuntu”).

Amb confiança, li diem “Instal·lar”

NB: apareixen uns quants missatges a dalt que, de moment, podem ignorar i tancar (Prémer la X).

3.4. Continuem configurant el sistema operatiu

La instal·lació ara ens pregunta per la mena de teclat. Ací cal triar el que més s’ajusta al nostre. El sistema ens proporciona una línia on podem comprovar que els caràcters corresponen.

Quan estiguem satisfets amb l’elecció, premem “Continuar”.

The keyboard
The keyboard
3.5. Actualizacions

Els sistemes operatius (tots) necessiten contínues actualitzacions. En aquest moment l’instal·lador ens pregunta si volem actualitzar el nostre Linux mentre que estiga instal·lant. De moment, ho deixem tot com està, i premem “Continuar”.

 

Update
Update
3.6. Tipus d’instal·lació

Aquest és un moment crític. Decidirem on instal·lar el nostre sistema operatiu.

L’instal·lador ens pregunta si volem “Esborrar disc i instal·lar Xubuntu”. Aquesta serà la nostra elecció per a l’entorn virtual en què estem treballant. Recordeu que hem creat un disc virtual de 10 Gigaoctets (punt 2.4.).

IMPORTANT!!! Estem treballant en un entorn virtual. Si estiguérem instal·lant Xubuntu directament en el nostre ordinador, en aquest moment estaríem arrasant el disc físic, esborrant totes les dades i el sistema original. Però, per sort estem dins de VirtualBox treballant sobre un disc virtual. En un futur, si realment us feu addictes a Linux, ja sabeu com fer el gran pas.

Deixem tot com està (by default) i finalment: “Instalar ahora”.

 

Ens preguntarà si n’estem segurs, i sí que ho estem, així que premem “Continuar”.

Setting the install device
Setting the install device
Confirm the install device
Confirm the install device
3.7. On ens trobem

Mentre cerca la còpia dels fitxers necessaris, el sistema ens va preguntant cosetes, per exemple, on ens trobem, podem prémer en la nostra zona horària;

 

Time zone
Time zone
3.8 Qui som

Aquest pas és molt important, ací definim el primer usuari (nosaltres) i la contrasenya d’accés. És un moment important. Si bé no he parat de repetir que estem en un sistema virtual, aquest tindrà accés a Internet i, com a tal, necessita totes les precaucions necessàries, així que us suggerisc triar una contrasenya segura.

Una bona contrasenya té, almenys, 8 caràcters (com més millor) i tant lletres majúscules com minúscules mesclades. Si li afegim números, el nostre sistema ho agrairà, i també suggerisc evitar paraules comunes.

Una bona contrasenya seria, per exemple “SDFgjsdfg843FSDGvhasd7msdhgfds76”.

Una mala contrasenya seria “usuari123”.

És veritat que no cal ser paranoics, però és bo prendre precaucions.

El sistema ens demana:

  • Un nom (general).
  • El nom de l’equip, el construeix automàticament, però podem canviar-lo (si volem).
  • El nom d’usuari construït sobre el nom general. Això també podem canviar-ho (si volem) i serà el nom que ens demanarà per a accedir al sistema.
  • Contrasenya (el sistema ens dirà si és curta, feble, acceptable, o forta).
  • Confirmació de la contrasenya.
  • Iniciar sessió automàticament/sol·licitar la contrasenya per a iniciar la sessió. Deixem aquesta segona opció, ja que és més segura.

I “Continuar”.

User
User

Relaxar-vos, al final us donarà un missatge que dirà:

La instal·lació s’ha completat…..

Restart
Restart

Reiniciar ahora”… L’instal·lador desactiva el CD (altrament, tornaria a començar la instal·lació) i us demana pressionar “ENTER”. Podeu comprovar que el lector virtual de CD està buit mirant la icona a baix. El CD està en gris.

 

Pressionem “ENTER” i esperem que es complisca la màgia.

4. Login

Al cap d’uns segons hauríem de veure la pantalla d’accés al sistema, que ens demana una contrasenya per a accedir.

 

Log in
Log in
The desktop
The desktop

Des d’aquest moment esteu en el vostre nou i flamant Linux. Podeu començar a prendre confiança amb l’entorn sense por de trencar res, ja que, al cap i a la fi, esteu en un entorn virtual.

Espere que us haja agradat aquest article, i també que algú amb valor intente arribar fins al final del procés.

Happy Linux a tots!

PS, Per a qualsevol comentari o pregunta, no dubteu a contactar-nos.