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Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO-Salud Pública

Servicios

El Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO-Salud Pública proporciona asesoramiento en la planificación de estudios así como de explotación de datos de secuenciación masiva. Nuestra misión es ayudar el usuario a extraer toda la información posible de los datos de secuenciación que pueda serle útil para la interpretación de los resultados.

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Protocolos de secuenciación activos en el servicio

El servicio de secuenciación ofrece la posibilidad de multiplexar (juntar muestras) según la cobertura requerida por el usuario.

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Secuenciación de amplicones

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Secuenciación de genomas completos

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Resecuenciación de genomas completos

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Secuenciación de transcriptomas

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Secuenciación de metagenomas

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Secuenciación de metatranscriptomas

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Secuenciación de miRNAs, siRNA y otros pequeños RNAs

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Paneles de genes

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Análisis bioinformático

El Servicio aplica flujos de trabajo estandarizados (pipelines) preestablecidos. En caso de necesidad, existe la posibilidad de elaborar pipelines ad hoc en función de las necesidades del usuario.

  • Anotación taxonómica bacteriana (amplicones de 16S rDNA).
  • Anotación taxonómica de hongos (amplicones de ITS).
  • Análisis ecológicos y comparativos en comunidades microbianas o de hongos (16S/ITS).
  • Ensamblado y anotación de genomas/transcriptomas y metagenomas/metatranscriptomas.
  • Determinación de perfiles de snps/indels en estudios de resecuenciación.
  • Análisis comparado entre múltiples genomas para la definición de perfiles de snps/indels y genes diferenciales, pangenoma.
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Demo Anotación taxonómica

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Demo Anotación taxonómica y análisis comparado

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Demo Metagenomics analysis

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Asesoría

El Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO, pone a disposición de los usuarios la experiencia adquirida en su trayectoria: desde los primeros secuenciadores de segunda generación (Roche FLX+ 454), pasando por la evolución de los secuenciadores de Illumina  hasta las nuevas tecnologías de tercera generación (Oxford Nanopore Technologies). La asesoría que se ofrece tiene dos vertientes:

  • Apoyo en el diseño experimental de proyectos de investigación donde se  necesite soporte de secuenciación masiva y bioinformática.
  • Dirección y gestión de proyectos de puesta en marcha de nuevos laboratorios de secuenciación y bioinformática.