El Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO-Salud Pública proporciona asesoramiento en la planificación de estudios así como de explotación de datos de secuenciación masiva. Nuestra misión es ayudar el usuario a extraer toda la información posible de los datos de secuenciación que pueda serle útil para la interpretación de los resultados.

Protocolos de secuenciación activos en el servicio

El servicio de secuenciación ofrece la posibilidad de multiplexar (juntar muestras) según la cobertura requerida por el usuario.

Análisis bioinformático

El Servicio aplica flujos de trabajo estandarizados (pipelines) preestablecidos. En caso de necesidad, existe la posibilidad de elaborar pipelines ad hoc en función de las necesidades del usuario.

• Anotación taxonómica bacteriana (amplicones de 16S rDNA).
• Anotación taxonómica de hongos (amplicones de ITS).
• Análisis ecológicos y comparativos en comunidades microbianas o de hongos (16S/ITS).
• Ensamblado y anotación de genomas/transcriptomas y metagenomas/metatranscriptomas.
• Determinación de perfiles de snps/indels en estudios de resecuenciación.
• Análisis comparado entre múltiples genomas para la definición de perfiles de snps/indels y genes diferenciales, pangenoma.

Asesoría

El Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO, pone a disposición de los usuarios la experiencia adquirida en su trayectoria: desde los primeros secuenciadores de segunda generación (Roche FLX+ 454), pasando por la evolución de los secuenciadores de Illumina  hasta las nuevas tecnologías de tercera generación (Oxford Nanopore Technologies). La asesoría que se ofrece tiene dos vertientes:

• Apoyo en el diseño experimental de proyectos de investigación donde se  necesite soporte de secuenciación masiva y bioinformática.
• Dirección y gestión de proyectos de puesta en marcha de nuevos laboratorios de secuenciación y bioinformática.