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Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO-Salud Pública

Secuenciación de transcriptomas

Mediante el estudio de los transcritos de un organismo podemos conocer las funciones que se están expresando en un determinado momento (secuenciación de RNA mensajeros) o bien el conjunto de mRNas, tRNAs, rRNAs y RNAs no codificantes mediante la secuenciación del RNA total. El único requisito para este tipo de secuenciación es partir de un RNA de calidad (RIN>8).

Debido al hecho de que la mayoría de los RNAs de un organismo son RNAs ribosomales, es un tipo de  secuenciación que necesita de una profundidad de lecturas muy alta.

Para mejorar la profundidad de la secuenciación en los protocolos de secuenciación de mRNAs se  pueden aplicar protocolos de filtrado que reducen la cantidad de ribosomales.

Finalmente, el mapeo de las secuencias obtenidas contra el genoma de referencia, y los datos de cobertura por gen, se traducen en perfiles de expresión (RNA profile). En caso de necesitar comparar estos perfiles entre casos también existe la posibilidad de realizar un análisis comparativo. Cada tipo de análisis requerirá un tipo de profundidad de lectura diferente.