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Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO-Salud Pública

Secuenciación de amplicones

Se proporciona un servicio de secuenciación de amplicones mediante el uso de cebadores adaptados y validados para cada aplicación, ya sea de 16S  para:

  • Estudios de microbiomas gastrointestinales humanos (Klindworth et al, 2013)
  • Poblaciones fúngicas mediante secuenciación del ITS (Toju et al. 2012 ).
  • Cualquier otro tipo de cebadores pueden ser empleados bajo demanda.

El protocolo incluye desde el control de calidad del ADN de las muestras de partida, construcción de librerías y secuenciación en carreras de MiSeq de 2x300pb, hasta la entrega de los resultados en formato fastq comprimido. Los resultados se proporcionarán ya demultiplexados (dos ficheros por muestra, R1 y R2).

Junto a los datos crudos se proporcionarán los datos filtrados por calidad.

Además los datos se complementan con un informe dinámico que contiene toda la información relacionada con las estadísticas de secuenciación y calidad como la longitud, calidades, contenidos GC, etc.. por muestra.