La secuenciación de organismos y el estudio de sus mutaciones está a la base de todos los estudios de epidemiología molecular.
En general se habla de resecuenciación de un genoma cuando ya se conoce la secuencia de un organismo tipo y el análisis de los perfiles de mutaciones es realizado respecto de esa muestra control.

A través de estos estudios se ponen de manifiesto aquellas características comunes y diferenciales entre todos los genomas estudiados permitiendo llevar a cabo estudios epidemiológicos y pangenómicos.

De estos datos se extraen por tanto las características propias de cada uno de los  organismos estudiados.